1137 gab es erstmals eine urkundliche Erwähnung der Domaine. Seine erste Blütezeit erlebte das Weingut im späten 17. Jahrhundert. Damals befand es sich noch im Besitz der Kirche. In diesen Zeitraum fällt auch die Erbauung der Kelleranlagen und des barocken Kellerschlössls. chließlich gelangte es in den Besitz der Starhemberger. Um 1790 gelangte die Domäne in den Besitz der Starhemberger. Sie kauften die Weingärten und das Kellerschlössl. Ernst Rüdiger von Starhemberg verkaufte es dann wiederum 1938 den Weingartenpächtern. Dies führte anschließend zur Gründung der Winzergenossenschaft Wachau. Von 1990 bis 2008 wurde das Gut unter dem Namen -Freie Weingärtner Wachau- geführt, bevor es anschließend in Domäne Wachau umbenannt wurde.

Mittlerweile arbeiten bis zu 250 kleine Winzerfamilien für die Domäne Wachau. Bewirtschaftet werden somit zusammen rund 440 Hektar Rebfläche. Als Führungsduo sind aktuell Roman Horvath MW (seit 2004 und erst 2. Master of Wine in Österreich) und Heinz Frischengruber (seit 2005) verantwortlich.

Die Domäne Wachau ist Mitglied der Vinea Wachau Nobilis Districtus welche im Jahr 1983 gegründet wurde. 

(Bilder bereitgestellt vom Weingut)